【2026年最新】インボイス2割特例終了後に中小企業がやるべき経理対応とは？
【2026年最新】インボイス2割特例終了後に中小企業がやるべき経理対応とは？
インボイス制度が始まってからこれまでの間、納税額の計算負担を軽減してくれた特例措置が終わろうとしており、日々の業務にどのような影響が出るのか不安に感じている方も多いのではないでしょうか。
本記事では、インボイス2割特例終了後の中小企業が直面する課題と、実務でやるべき経理対応について詳しく解説します。
この記事を読むことで、インボイス2割特例終了後や免税事業者からの仕入税額控除の経過措置変更に向けて、自社が今すぐ準備すべき経理の具体策が明確になり、スムーズな移行ができるようになります。
特に、さいたま市をはじめとする埼玉県内で、限られたリソースで経理業務を行っている中小企業の経営者や経理担当者の方にぜひ読んでいただきたい内容です。
私たちCWM経理アウトソーシングオフィスは、埼玉県内で日々多くの中小企業から経理に関するご相談を受けており、現場のリアルな声と専門的な視点をもとに、インボイス2割特例終了後に向けて経理担当者がつまずきやすいポイントと解決策をお伝えします。
本記事では、インボイス2割特例終了後の中小企業が直面する課題と、実務でやるべき経理対応について詳しく解説します。
この記事を読むことで、インボイス2割特例終了後や免税事業者からの仕入税額控除の経過措置変更に向けて、自社が今すぐ準備すべき経理の具体策が明確になり、スムーズな移行ができるようになります。
特に、さいたま市をはじめとする埼玉県内で、限られたリソースで経理業務を行っている中小企業の経営者や経理担当者の方にぜひ読んでいただきたい内容です。
私たちCWM経理アウトソーシングオフィスは、埼玉県内で日々多くの中小企業から経理に関するご相談を受けており、現場のリアルな声と専門的な視点をもとに、インボイス2割特例終了後に向けて経理担当者がつまずきやすいポイントと解決策をお伝えします。
目次
1. インボイス2割特例終了後の中小企業を取り巻く経理状況とは？
1-1. インボイス2割特例終了後に増大する経理の負担と仕組み
1-2. インボイス2割特例終了後に経理担当者が直面するリスクと対策
2. インボイス2割特例終了後と同時期に変わる経過措置への経理対応
2-1. 2026年10月からの控除割合変更（80%から70%）が経理に与える影響
2-2. インボイス2割特例終了後に向けた仕入先状況の確認と経理の事前準備
3. インボイス2割特例終了後に向けてさいたま市の中小企業がすべき経理の具体策
3-1. インボイス2割特例終了後を見据えた経理システムの改修と自動化
3-2. インボイス2割特例終了後の経理課題をアウトソーシングで解決する方法
4. まとめ｜インボイス2割特例終了後の経理対応を乗り切るための重要ポイント
1-1. インボイス2割特例終了後に増大する経理の負担と仕組み
1-2. インボイス2割特例終了後に経理担当者が直面するリスクと対策
2. インボイス2割特例終了後と同時期に変わる経過措置への経理対応
2-1. 2026年10月からの控除割合変更（80%から70%）が経理に与える影響
2-2. インボイス2割特例終了後に向けた仕入先状況の確認と経理の事前準備
3. インボイス2割特例終了後に向けてさいたま市の中小企業がすべき経理の具体策
3-1. インボイス2割特例終了後を見据えた経理システムの改修と自動化
3-2. インボイス2割特例終了後の経理課題をアウトソーシングで解決する方法
4. まとめ｜インボイス2割特例終了後の経理対応を乗り切るための重要ポイント
1. インボイス2割特例終了後の中小企業を取り巻く経理状況とは？
この章では、インボイス2割特例終了後になぜ経理の現場が混乱しやすいのか、その背景と全体像を解説します。
これまで簡易的に消費税額を計算できていた企業が本則課税や簡易課税に移行することで、日々の仕訳業務における経理の作業工数は大きく跳ね上がります。
インボイス2割特例終了後の経理実務を正確に把握し、早めに対策を打つことが企業の利益を守る鍵となります。
これまで簡易的に消費税額を計算できていた企業が本則課税や簡易課税に移行することで、日々の仕訳業務における経理の作業工数は大きく跳ね上がります。
インボイス2割特例終了後の経理実務を正確に把握し、早めに対策を打つことが企業の利益を守る鍵となります。
1-1. インボイス2割特例終了後に増大する経理の負担と仕組み
インボイス制度導入を機に免税事業者から課税事業者になった事業者を対象とした特例措置は、消費税の納付税額を売上税額の2割に抑えられるというものでした。
しかし、この制度が終了すると、経理担当者は原則的な計算方法である本則課税、あるいは事前の届出による簡易課税へと移行しなければなりません。
たとえば、さいたま市浦和区でデザイン業を営む企業様からは、これまで売上の集計だけで済んでいた消費税計算が、インボイス2割特例終了後には経費の一つひとつについて適格請求書かどうかを確認しなければならなくなることへの強い不安の声が寄せられています。
本則課税に移行した場合、受け取った領収書や請求書がインボイスの要件を満たしているかを経理がすべて目視やシステムで判定し、区分記載していく必要があります。
この確認作業を怠ると、正しい仕入税額控除ができず、結果として企業の消費税納付額が増加してしまうデメリットがあります。
このデメリットを回避するためには、経理フローの見直しと、取引先が適格請求書発行事業者であるかどうかのマスタ管理を徹底することが不可欠です。
なお、制度は変更される可能性があるため、最終的な判断は必ず最新情報を確認してください。また、税務・労務・法令に関わる判断が必要な内容につきましては、最終判断は専門家に確認してください。
しかし、この制度が終了すると、経理担当者は原則的な計算方法である本則課税、あるいは事前の届出による簡易課税へと移行しなければなりません。
たとえば、さいたま市浦和区でデザイン業を営む企業様からは、これまで売上の集計だけで済んでいた消費税計算が、インボイス2割特例終了後には経費の一つひとつについて適格請求書かどうかを確認しなければならなくなることへの強い不安の声が寄せられています。
本則課税に移行した場合、受け取った領収書や請求書がインボイスの要件を満たしているかを経理がすべて目視やシステムで判定し、区分記載していく必要があります。
この確認作業を怠ると、正しい仕入税額控除ができず、結果として企業の消費税納付額が増加してしまうデメリットがあります。
このデメリットを回避するためには、経理フローの見直しと、取引先が適格請求書発行事業者であるかどうかのマスタ管理を徹底することが不可欠です。
なお、制度は変更される可能性があるため、最終的な判断は必ず最新情報を確認してください。また、税務・労務・法令に関わる判断が必要な内容につきましては、最終判断は専門家に確認してください。
1-2. インボイス2割特例終了後に経理担当者が直面するリスクと対策
インボイス2割特例終了後に経理が直面する最大のリスクは、入力ミスによる消費税の過大納付、または過少申告による追徴課税のリスクです。
とくに現場の社員が立て替えた経費の領収書に登録番号の記載がない場合、経理担当者はその処理方法に迷い、確認のために膨大な時間を奪われることになります。
さいたま市大宮区の建設業者様でも、現場監督が持ち帰るレシートのインボイス確認作業が経理の大きな負担となり、月次決算が遅れるというつまずき事例が発生しています。
この状況を改善するための対策として、現場の社員に対してインボイス制度の基礎知識を研修し、登録番号のある店舗を優先的に利用するよう社内ルールを設けることが有効です。
また、経理部門では、受領した書類を税率ごとに正確に分類するチェック体制を再構築する必要があります。
税務・労務・法令に関わる判断が必要な内容については、最終判断は専門家に確認してください。
とくに現場の社員が立て替えた経費の領収書に登録番号の記載がない場合、経理担当者はその処理方法に迷い、確認のために膨大な時間を奪われることになります。
さいたま市大宮区の建設業者様でも、現場監督が持ち帰るレシートのインボイス確認作業が経理の大きな負担となり、月次決算が遅れるというつまずき事例が発生しています。
この状況を改善するための対策として、現場の社員に対してインボイス制度の基礎知識を研修し、登録番号のある店舗を優先的に利用するよう社内ルールを設けることが有効です。
また、経理部門では、受領した書類を税率ごとに正確に分類するチェック体制を再構築する必要があります。
税務・労務・法令に関わる判断が必要な内容については、最終判断は専門家に確認してください。
2. インボイス2割特例終了後と同時期に変わる経過措置への経理対応
インボイス2割特例終了後と時期を同じくして、経理担当者が注意しなければならないのが、免税事業者からの仕入れに関する経過措置の変更です。
2026年10月1日を境に控除割合が段階的に縮小されるため、経理の仕訳処理や会計ソフトの設定変更が急務となります。
この章では、インボイス2割特例終了後における控除割合変更の概要と、経理が事前に行うべき準備について解説します。
2026年10月1日を境に控除割合が段階的に縮小されるため、経理の仕訳処理や会計ソフトの設定変更が急務となります。
この章では、インボイス2割特例終了後における控除割合変更の概要と、経理が事前に行うべき準備について解説します。
2-1. 2026年10月からの控除割合変更（80%から70%）が経理に与える影響
免税事業者からの課税仕入れについては、インボイス制度開始後も一定割合を控除できる経過措置が設けられていますが、その割合は以下のように変動します。
| 期間 | 仕入税額控除の割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日〜2026年9月30日 | 80%控除 |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70%控除 |
2026年10月1日からは、これまでの80%控除から70%控除へと割合が引き下げられます。
インボイス2割特例終了後から本則課税へ移行する企業にとって、この控除割合の変更は経理の入力作業をさらに複雑化させる要因となります。
さいたま市岩槻区の製造業のお客様からは、80%控除と70%控除の取引が混在する期またぎの処理をどうすればよいかという相談が多く寄せられています。
取引の発生日が2026年9月30日までであれば80%、10月1日以降であれば70%として処理する必要があり、経理ソフトの税区分コードを正しく使い分けなければなりません。
誤った税区分を選択すると消費税額が不正確になるリスクがあるため、経理担当者は適用開始日前にシステムのマスタ更新を完了させる改善策が必要です。
制度は変更される可能性があるため、最終的な判断は必ず最新情報を確認してください。
2-2. インボイス2割特例終了後に向けた仕入先状況の確認と経理の事前準備
インボイス2割特例終了後および経過措置の変更に向けて経理が取るべき具体的な準備は、仕入先が適格請求書発行事業者であるかどうかの最新状況を再確認することです。
以前は免税事業者だった取引先が、インボイス2割特例終了後を見据えて新たに登録を済ませているケースもあります。
以前は免税事業者だった取引先が、インボイス2割特例終了後を見据えて新たに登録を済ませているケースもあります。
- 取引先のリストアップ：継続的に取引がある免税事業者や、登録状況が不明な外注先を洗い出します。
- 登録状況の照会：国税庁のインボイス制度適格請求書発行事業者公表サイトを活用し、最新の登録番号を経理システムに反映させます。
- 価格交渉の準備：70%控除への移行に伴い、自社の消費税負担が増加するため、必要に応じて免税事業者の取引先と価格見直しの協議を行う基礎データを経理が提供します。
さいたま市南区で複数のフリーランスと契約しているIT企業様では、経理担当者が中心となって全取引先へのアンケートを実施し、インボイス2割特例終了後の取引条件をスムーズに見直すことができました。
事前の確認を怠ると、インボイス2割特例終了後に経理処理がストップするリスクがあるため、余裕を持ったスケジュールで進めることが重要です。
税務・労務・法令に関する判断が必要な点では、最終判断は専門家に確認してください。
3. インボイス2割特例終了後に向けてさいたま市の中小企業がすべき経理の具体策
ここまで、インボイス2割特例終了後の課題や経過措置の変更点について見てきました。
この章では、迫り来るインボイス2割特例終了後に対して、経理部門が具体的にどのようなアクションを起こすべきか、実践的な解決策を提示します。
システムの最適化や外部リソースの活用など、自社に合った方法で経理の業務効率化を図ることが不可欠です。
この章では、迫り来るインボイス2割特例終了後に対して、経理部門が具体的にどのようなアクションを起こすべきか、実践的な解決策を提示します。
システムの最適化や外部リソースの活用など、自社に合った方法で経理の業務効率化を図ることが不可欠です。
3-1. インボイス2割特例終了後を見据えた経理システムの改修と自動化
インボイス2割特例終了後の複雑な経理業務を人力だけで乗り切るには限界があります。
最も確実な対策は、クラウド会計ソフトなどのITツールをフル活用し、経理処理を自動化することです。
さいたま市見沼区の小売業様では、インボイス2割特例終了後に備えてAI-OCR機能を搭載した経理システムを導入し、レシートをスマートフォンで撮影するだけで登録番号を自動判定する仕組みを構築しました。
これにより、経理担当者が目視でインボイスの有無を確認する時間を大幅に削減できました。
システムを活用するメリットは大きいですが、初期設定の段階で税区分や部門設定を誤ると、間違った仕訳が大量に生成されてしまうというリスクもあります。
このリスクを回避するための対策として、導入時にはテスト期間を設け、インボイス2割特例終了後の本則課税の計算結果と合致するかを専門家と共に検証することが求められます。
制度は変更される可能性があるため、最終的な判断は必ず最新情報を確認してください。
最も確実な対策は、クラウド会計ソフトなどのITツールをフル活用し、経理処理を自動化することです。
さいたま市見沼区の小売業様では、インボイス2割特例終了後に備えてAI-OCR機能を搭載した経理システムを導入し、レシートをスマートフォンで撮影するだけで登録番号を自動判定する仕組みを構築しました。
これにより、経理担当者が目視でインボイスの有無を確認する時間を大幅に削減できました。
システムを活用するメリットは大きいですが、初期設定の段階で税区分や部門設定を誤ると、間違った仕訳が大量に生成されてしまうというリスクもあります。
このリスクを回避するための対策として、導入時にはテスト期間を設け、インボイス2割特例終了後の本則課税の計算結果と合致するかを専門家と共に検証することが求められます。
制度は変更される可能性があるため、最終的な判断は必ず最新情報を確認してください。
3-2. インボイス2割特例終了後の経理課題をアウトソーシングで解決する方法
社内に専任の経理担当者がいない場合や、インボイス2割特例終了後の業務量増加に対応しきれない場合は、経理代行などのアウトソーシングを活用することが有効な解決策となります。
アウトソーシングを利用することで、インボイス制度や経過措置の複雑なルール変更に対しても、常に最新の法令に基づいた正確な経理処理をプロに任せることができます。
さいたま市中央区の飲食店経営者様は、インボイス2割特例終了後の消費税計算の複雑さに頭を抱えていましたが、日々の記帳や請求書管理を丸ごとアウトソーシングしたことで、本業である店舗運営に専念できるようになりました。
外部委託のデメリットとしては毎月のコストが発生することが挙げられますが、経理担当者を新たに採用・育成する費用や、申告ミスによる追徴課税のリスクと比較すれば、かえって費用対効果が高くなるケースがほとんどです。
また、アウトソーシング先を選ぶ際は、単に入力作業を代行するだけでなく、インボイス2割特例終了後の資金繰りや業務フローの改善まで提案してくれる専門家をパートナーに選ぶことが成功の秘訣です。
税務・労務・法令に関する判断が必要な点では、最終判断は専門家に確認してください。
アウトソーシングを利用することで、インボイス制度や経過措置の複雑なルール変更に対しても、常に最新の法令に基づいた正確な経理処理をプロに任せることができます。
さいたま市中央区の飲食店経営者様は、インボイス2割特例終了後の消費税計算の複雑さに頭を抱えていましたが、日々の記帳や請求書管理を丸ごとアウトソーシングしたことで、本業である店舗運営に専念できるようになりました。
外部委託のデメリットとしては毎月のコストが発生することが挙げられますが、経理担当者を新たに採用・育成する費用や、申告ミスによる追徴課税のリスクと比較すれば、かえって費用対効果が高くなるケースがほとんどです。
また、アウトソーシング先を選ぶ際は、単に入力作業を代行するだけでなく、インボイス2割特例終了後の資金繰りや業務フローの改善まで提案してくれる専門家をパートナーに選ぶことが成功の秘訣です。
税務・労務・法令に関する判断が必要な点では、最終判断は専門家に確認してください。
4. まとめ｜インボイス2割特例終了後の経理対応を乗り切るための重要ポイント
この記事では、インボイス2割特例終了後や経過措置の変更に伴う経理業務への影響と、その具体的な対策について解説してきました。
制度変更のタイミングを正確に把握し、今のうちから経理体制を整備しておくことが、企業を税務リスクから守るための一歩となります。
制度変更のタイミングを正確に把握し、今のうちから経理体制を整備しておくことが、企業を税務リスクから守るための一歩となります。
- 重要ポイント1：インボイス2割特例終了後は本則課税などへの移行により経理負担が増加するため、早急な業務フローの見直しが必要です。
- 重要ポイント2：2026年10月1日からの免税事業者からの仕入税額控除が80%から70%へ変更されるため、経理ソフトの税区分設定を期日までに完了させましょう。
- 重要ポイント3：インボイス2割特例終了後の複雑な経理業務を社内だけで抱え込まず、システムの自動化や経理アウトソーシングの活用を積極的に検討してください。
私たち CWM経理アウトソーシングオフィス は、埼玉・大宮に拠点を置き、創業から40年以上にわたって中小企業・個人事業主の皆さまをサポートしてきた経理の専門チームです。
年間350件を超える豊富な支援実績と、30名以上の専門スタッフによる複数名体制で、お客様一社ごとの状況に合わせた最適な経理体制をご提案。記帳や支払管理、給与計算、年末調整といった日常業務はもちろん、クラウド会計ソフト（マネーフォワード等）の導入支援や経理DX化、電子帳簿保存法・インボイス制度対応など、経理周りのあらゆる課題にワンストップで対応いたします。
私たちの強みは、単なる事務作業の代行ではなく、経営者の皆さまが本業に集中できる環境づくりを行うこと。決算書や日々の数値から経営状況を読み解き、必要に応じて改善提案を行いながら、御社の成長を長期的に支える“経営のパートナー”として伴走します。
「経理担当者の退職で急に人手が足りなくなった」「クラウド会計に興味はあるが導入方法がわからない」「経理業務を効率化してコストを削減したい」――そんなお悩みがあれば、ぜひ私たちにお任せください。
この記事を担当した執筆者
(株)CWM総合経営研究所
代表取締役社長
杉田 一真
保有資格公認会計士・税理士・中小企業診断士 (税理士登録番号：118535)
専門分野
経歴1979年埼玉県生まれ。公認会計士、税理士、中小企業診断士。 早稲田大学政治経済学部卒業後、公認会計士事務所、大手監査法人を経て2011年、(株)CWM総合経営研究所入社、代表取締役社長。 税理士法人CWM総研代表社員。
